2016年，圣路加国际医院的消化内科实施的胃镜检查近7000例，肠镜检查5100多例；此外，还进行了内窥镜逆行胰胆管造影224例，导致胰腺炎的概率为0.4%，远低于日本2%-5%的平均水平。

呼吸外科可以对早期肺癌及气胸等良性疾病开展胸腔镜下微创手术，还可以为肺癌患者提供机器人手术。胸部恶性肿瘤手术中，90%以上为腹腔镜微创手术。

2017年，神经外科接待门诊患者上万人次，共进行动脉瘤治疗99例，脑外科手术491例（其中，脑肿瘤手术43例、脑血管疾病151例、外伤70例、脑积水30例、脊椎与脊髓疾病27例、功能性手术2例、血管内手术168例）。

2017年，圣路加国际医院的神经内科共接待门诊患者6971人次、住院患者220人

​圣路加国际医院的骨外科涵盖了从颈椎（颈部）到脚趾的广泛领域，并为急性创伤（例如骨折和韧带损伤）、退行性病变（例如骨关节炎和脊椎病）以及骨质疏松症/代谢性疾病提供医疗服务。

呼吸内科可以诊治涵盖呼吸系统领域的几乎所有的疾病。如肺癌、肺炎等呼吸道感染、支气管哮喘、间质性肺炎、慢性阻塞性肺疾病（COPD）、肺气肿、睡眠呼吸暂停综合征（SAS）等。

乳腺治疗中心是圣路加国际医院极具代表的专科之一。仅2017年，医院就进行了878例乳腺癌手术，是日本乳腺癌手术量排名第二的医院*1。

消化外科积极采用内镜下的微创手术，治疗各种消化系统癌症。2011年医院引进手术支援机器人da Vinci，在大肠癌、胃癌与腹部的疝手术中使用。而在甲状腺与副甲状腺疾病中会优先使用内窥镜手术。2018年共计接待门诊患者12840人次、住院患者1020人，实施手术968例。

日本于2013年批准主动脉瓣狭窄患者的介入人工瓣膜移植（TAVI），开始就是在圣路加国际医院心血管中心进行的实践和尝试。 此外，心血管中心有多位成人先天性心脏病（ACHD）专家，提供专门的药物治疗与心房间隔缺损的介入治疗等；并与产科医生合作，是日本为数不多的可以进行ACHD孕妇分娩和产后管理的机构之一。

圣路加国际医院肿瘤内科是癌症药物治疗的专科诊疗科室。2017年肿瘤内科共治疗14565名患者，曾为诸多中国患者提供治疗和二诊服务，并获得患者的高度评价。

眼科

耳鼻喉科

女性综合诊疗部

血液内科

泌尿外科

类风湿胶原病中心

传染病科